El primer libro que importa es el «Methodus ad facilem historiarum cognitionem» (1566), un método para entender la historia que en realidad es un programa de derecho comparado. Bodin reprochaba a los civilistas haber descrito «las leyes de ningún pueblo excepto los romanos» y proponía hacer lo que según él recomendaba Platón: reunir y comparar todas las leyes de todos los Estados y extraer de ellas los mejores modelos. La idea estaba en el aire (François Hotman publica el «Antitribonien» en 1567), pero Bodin llegó antes y de forma más sistemática, y sobre todo trasladó el peso del texto jurídico a la experiencia histórica: costumbres de los pueblos, nacimiento, crecimiento, cambio y decadencia de los Estados. Ese método es lo que después le permite despegar la soberanía de sus asociaciones romanas y tratarla como el rasgo de todos los Estados en todas las épocas, y no como una peculiaridad del derecho imperial.
En 1568 apareció la «Response aux paradoxes de M. de Malestroit», su intervención en la primera gran discusión monetaria francesa. Malestroit, maestro de cuentas de la moneda, había sostenido en sus «Paradoxes» que los precios reales no habían subido en tres siglos y que la carestía era un espejismo causado por la menor cantidad de oro y plata contenida en las monedas. Bodin lo negó y señaló como causa principal y singular la abundancia de oro y plata, algo que, decía, nadie había alegado antes; añadió como causas secundarias los monopolios de mercaderes y artesanos agrupados en gremios y cofradías, la escasez de artículos de lujo y la guerra, que crea desabastecimiento. De ahí salían dos conclusiones incómodas para su época: que el precio del oro y la plata debía fijarlo el mercado y no un edicto real, y que un príncipe «que cambia el precio del oro y la plata arruina a su pueblo, a su país y a sí mismo». La discusión sobre la hacienda pública, a la que llamó los nervios del Estado, ocupa además el libro VI de la «République».
«Les Six Livres de la République» (París, 1576) abre definiendo la cosa antes que el poder: una república es «el recto gobierno de varias familias, y de lo que les es común, con poder soberano». La operación decisiva viene después. La tradición y los juramentos de coronación entendían al rey como encarnación de la justicia, cuya función primera era juzgar; Bodin no incluye siquiera la jurisdicción entre los atributos de la soberanía, porque el rey la ejerce por delegación, y pone en su lugar el poder de hacer la ley. De ahí se siguen los demás atributos indelegables (guerra y paz, nombramientos, última apelación, juramento de fidelidad) y la tesis que le importaba: que la constitución mixta que admiraban los lectores de Aristóteles y de Polibio es imposible, porque lo absoluto no se divide. La contrapartida son los límites, que el propio texto repite: el príncipe soberano no está atado por la ley civil que él o sus predecesores promulgaron, pero sus leyes no pueden derogar ni modificar las de Dios y las de la naturaleza. El libro incluye además una defensa extensa de la propiedad individual contra Platón y Moro, y un libro V que explica las formas políticas por el entorno, el clima y la latitud. Tuvo diez ediciones francesas en vida del autor, una versión latina ampliada por él mismo en 1586 y traducciones al italiano, español, alemán e inglés; en 1581 Bodin respondió a sus críticos con la «Apologie de René Herpin», firmada con nombre supuesto.
El resto de la obra se aparta de la política y explica por qué su fama se fijó en un solo libro. En 1578 publicó la «Juris universi distributio», un manual breve donde completaba su idea de un derecho universal. En 1580 apareció «De la démonomanie des sorciers», con dedicatoria fechada en diciembre de 1579: cuatro libros sobre la definición del brujo, la invocación de espíritus, los remedios lícitos contra los hechizos y, en el cuarto, el procedimiento judicial, las pruebas exigibles y las penas, donde recomienda en la mayoría de los casos la muerte en la hoguera. El blanco explícito era Johann Wier, que negaba la realidad de la brujería. Al final de su vida se dedicó a la naturaleza y a la religión: el «Universae naturae theatrum» (1596) es una enciclopedia del saber natural en forma de diálogo, y el «Colloquium Heptaplomeres», escrito hacia 1588, es una conversación entre siete sabios de creencias distintas que Bodin nunca se atrevió a publicar. Apareció incompleto en 1841 por obra de Guhrauer y completo en 1857 por la de Noack, más de dos siglos y medio después de su muerte.