Nació en Diedenshausen, una aldea del condado de Wittgenstein al este de la villa residencial de Berleburg, en la Alemania central de las pequeñas soberanías. El año es incierto: las fuentes oscilan entre 1557 y 1563, y el Biographisches Lexikon für Ostfriesland, la ficha de referencia de la región donde pasó la segunda mitad de su vida, considera más probable la segunda. La fecha tardía se impuso a partir de la introducción de Carl Joachim Friedrich a su edición de 1932 y se apoya en un dato material, no en una conjetura: un retrato al óleo con las inscripciones «Anno 1563» y «Anno 1623», que debió de encargarse para su sesenta cumpleaños y que hoy se conserva en la Johannes a Lasco Bibliothek de Emden, la antigua Große Kirche. Del origen familiar solo consta lo que permite deducir un libro de rentas del condado de 1572: el único Althaus inscrito en Diedenshausen era el molinero Hans Althaus, que se da por padre. No venía de una dinastía de juristas ni de una ciudad universitaria.
Ese detalle de partida importa para entender el resto. El señor del condado, Ludwig von Wittgenstein, llevó su diminuto territorio del luteranismo al calvinismo pocos años después de la noche de San Bartolomé, de modo que Althusius se educó en un enclave reformado minúsculo, encajado en un Imperio donde el emperador era católico y buena parte de los príncipes vecinos luteranos. Un reformado de Wittgenstein no podía dar por evidente que el poder legítimo sea el del príncipe territorial. Estudió desde 1577 en el pedagogio de Marburgo, probablemente con una beca condal; desde 1581 consta matriculado en Colonia; y terminó Derecho en Basilea en 1586 con una disertación sobre la sucesión intestada, alojado en casa del teólogo Johann Jacob Grynäus y en contacto con el círculo humanista de Basilius Amerbach. Una estancia en Ginebra, donde habría tratado al pandectista Denis Godefroy, se considera verosímil pero no está documentada.
Ese mismo año publicó en Basilea su primer libro, un manual de derecho romano de método ramista, y el libro le consiguió el puesto: hacia la Navidad de 1586 entró como primer profesor de Derecho en la Hohe Schule de Herborn, fundada dos años antes por Johann VI de Nassau-Dillenburg, hermano de Guillermo de Orange, y hasta entonces dedicada solo a formar teólogos reformados. Compaginó la cátedra con un puesto de consejero en la cancillería condal de Dillenburg. Desde el verano de 1592 enseñó unos cuatro años en el Gymnasium Illustre de Burg-Steinfurt; al volver, la escuela nassoviana se había trasladado a Siegen, donde se casó con Margarete Naurath, viuda, de una familia de funcionarios del condado, con la que tuvo cinco o seis hijos según qué fuente se siga. Fue rector en 1599 y de nuevo en 1602. Cuando la Politica apareció en 1603 seguía siendo profesor y no estaba metido en pleito político alguno: llegó a su posición por vía doctrinal, antes de tener nada concreto que defender con ella.
El giro llegó en 1604, cuando aceptó el sindicato de la ciudad de Emden. No era un destino tranquilo. El 18 de marzo de 1595, tras un sermón de Menso Alting en la Große Kirche y un discurso de Gerhard Bolardus, los ciudadanos habían depuesto al consejo puesto por el conde Edzard II, tomado el castillo condal y forzado al conde a trasladar su residencia a Aurich; los Estados Generales neerlandeses habían enviado mil hombres. El Convenio de La Haya de abril de 1603 dejó al magistrado la potestad fiscal dentro de las murallas y la superioridad militar, con una guarnición permanente de seiscientos a setecientos hombres pagada por los estados de Frisia oriental y mandada por un neerlandés, lo que convertía a Emden de hecho en ciudad libre imperial. Desde entonces la ciudad firmaba S.P.Q.E. y se llamaba Respublica Emdana. Althusius llegó un año después de todo eso, a administrar como funcionario el tipo de comunidad que había descrito como teórico.
Fue síndico treinta y cuatro años, hasta morir. Rechazó una llamada de Leiden y, en 1606, la primera cátedra de Derecho de Franeker con un sueldo entonces brillante de mil florines. Desde 1617 fue además senior del consistorio de la iglesia de Emden, lo que le dio autoridad civil y eclesiástica a la vez. Su trabajo diario fue el litigio permanente de la ciudad contra los condes de Frisia oriental y su canciller Thomas Franzius. Se mantuvo deliberadamente poco visible incluso en las negociaciones con los neerlandeses, y participó mucho menos de lo habitual entre eruditos de su rango en la correspondencia académica, probablemente para preservar la apariencia de imparcialidad de sus libros. Su mujer murió en Emden en abril de 1624. No siempre se salió con la suya y en sus últimos años quedó cada vez más aislado políticamente. Murió el 12 de agosto de 1638.