Nace el 29 de agosto de 1632 en Wrington, Somerset, a unas diez millas de Bristol, en casa de un hermano de su madre. La familia es puritana y de medios modestos. Su padre, también John Locke (1606-1661), era procurador rural, escribano de los jueces de paz del condado y agente de uno de ellos, Alexander Popham. Cuando estalla la guerra civil, Popham levanta un regimiento de caballería parlamentario y el padre de Locke sirve en él como capitán. Ese detalle no es anecdótico: de la clientela de Popham, ya diputado, sale el dinero y el aval que llevan al hijo a Westminster School en 1647 y a Christ Church, Oxford, en el otoño de 1652. Locke crece, por tanto, dentro del bando que decapitó a Carlos I, abolió la monarquía, la Cámara de los Lores y la Iglesia anglicana, y montó el Protectorado de Cromwell, y llega a la edad adulta justo cuando todo aquello se deshace en la Restauración de 1660. La experiencia de fondo de su generación no es la libertad: es el desorden.
En Oxford se gradúa (bachiller en 1656, máster en 1658) y obtiene una plaza de Senior Student en Christ Church, que da renta pero no es vitalicia. Enseña griego desde 1660 y retórica desde 1663. Ahí llega el punto de bifurcación de su vida: los estatutos del colegio reservaban cincuenta y cinco de esas plazas a ordenados o a candidatos a órdenes, y solo cinco a laicos (dos en medicina, dos en derecho, una en filosofía moral). Lo esperable era hacerse clérigo. Locke elige medicina. La decisión lo coloca en la órbita de la filosofía experimental que estaba naciendo en Oxford alrededor de John Wilkins y luego de Robert Boyle, el núcleo del que saldría la Royal Society, de la que Locke fue miembro temprano. De Boyle toma el lenguaje de las cualidades primarias y secundarias; con Thomas Sydenham hace investigación clínica. Conviene retener esto cuando se le lee como filósofo político: nunca ocupó una cátedra de filosofía, y su oficio declarado durante décadas fue el de médico.
En 1666 conoce a Anthony Ashley Cooper, futuro primer conde de Shaftesbury, y en 1668 le organiza una operación hepática que le salva la vida, probablemente la intervención mejor documentada del siglo en Inglaterra: Locke consultó a médicos de todo el país y priorizó la limpieza. A partir de ahí vive de su patrón, en un puesto que hoy llamaríamos de asesor y hombre de confianza: médico de la casa, secretario, redactor. Y ese empleo lo mete de lleno en la administración imperial. Es secretario del Council of Trade and Foreign Plantations, el organismo que centraliza la información sobre comercio y colonias, y secretario de los Lords Proprietors de Carolina, los ocho hombres a quienes Carlos II había regalado la colonia. En esa condición redacta las Constituciones fundamentales de Carolina de 1669, cuyo artículo 110 concede a todo hombre libre poder absoluto sobre sus esclavos negros. Y entre 1672 y 1675 figura entre los accionistas de la Royal African Company, la compañía que gestionaba la trata inglesa: las acciones le llegaron por transferencia de terceros, verosímilmente como pago por su trabajo para los propietarios de Carolina y las Bahamas, y las vendió en julio de 1675. Ninguna presentación honesta de Locke puede omitir estos dos hechos, y ninguna puede resolverlos con una frase.
De 1675 a 1679 vive en Francia, sobre todo quince meses en Montpellier, mientras la carrera de Shaftesbury se hunde. A la vuelta encuentra a su patrón dirigiendo la crisis de Exclusión: el intento de impedir por ley que Jacobo, hermano católico del rey, herede el trono. El proyecto pasa en los Comunes y muere en los Lores. Shaftesbury acaba dos veces en la Torre, es absuelto de traición por un jurado afín, y en noviembre de 1682 huye a Holanda, donde muere dos meses después. Cuando en junio de 1683 se descubre el complot de Rye House para asesinar al rey y a su hermano, Locke pone en orden sus asuntos esa misma semana y en septiembre está exiliado en Holanda. El gobierno inglés intenta que lo extraditen y Oxford le retira la plaza de Christ Church. En el exilio termina el Ensayo, publica en latín la Epistola de tolerantia y frecuenta al círculo tolerantista de Ámsterdam y Róterdam, con Benjamin Furly y Pierre Bayle. La cronología importa: los libros por los que se le conoce se escriben o se rematan mientras es un exiliado político con orden de captura, no como comentario académico a un régimen ya establecido.
Vuelve a Inglaterra en febrero de 1689 y publica en dos años lo esencial de su obra, casi todo anónimo. A partir de entonces vive de cargos públicos: comisionado de apelaciones de impuestos especiales, con doscientas libras al año y un trabajo casi de sinecura que conservó hasta morir, y desde el 15 de mayo de 1696 miembro del nuevo Council of Trade, con mil libras al año y un calendario de tres y luego cinco reuniones semanales, del que fue el vocal más activo hasta su retirada en 1700. El asma le impedía respirar el humo de Londres más de cuatro meses al año, así que desde 1691 se domicilió en Oates, en la parroquia de High Laver (Essex), casa de sir Francis Masham y de Damaris Cudworth, hija del platónico de Cambridge Ralph Cudworth y filósofa por derecho propio, con quien mantuvo una relación intelectual y personal muy estrecha hasta el final. El 27 de octubre de 1704 no pudo levantarse; el 28 pidió que lo vistieran y le pidió a lady Masham que le leyera los salmos, y murió tranquilamente mientras ella leía. Lo enterraron, como había dejado ordenado, con el menor aparato posible en el cementerio de High Laver, bajo un epitafio latino que él mismo había escrito. Dejó 4.555 libras de patrimonio personal, además de sus libros.