John Stuart Mill nació el 20 de mayo de 1806 en el número 13 de Rodney Street, en Pentonville, entonces un arrabal al norte de Londres. Era el mayor de los nueve hijos de Harriet Barrow y de James Mill, escocés formado en Edimburgo que se había instalado en Londres en 1802 y que llegaría a ser el aliado más próximo de Jeremy Bentham. La casa funcionaba como cuartel general del radicalismo filosófico: por allí pasaban Bentham, David Ricardo y Francis Place. El hijo no fue nunca a la escuela ni pisó la universidad. Toda su instrucción la dirigió el padre, con un objetivo declarado: fabricar al dirigente de la siguiente generación de radicales. «No recuerdo cuándo empecé a aprender griego; me han dicho que fue a los tres años», escribiría después. Latín a los ocho, edad a la que ya daba clase a sus hermanos pequeños. Antes de los catorce había leído a Heródoto, Tucídides, Platón, Demóstenes, Virgilio, Livio y Cicerón, y había empezado el cálculo diferencial. Francis Place, que se alojó con la familia en 1814, anotó que los niños estudiaban de seis a nueve y de diez a una, y pronosticó que aquel prodigio crecería huraño y egoísta. Creció además sin religión: no la abandonó, aclara en el «Autobiography», sencillamente nunca la tuvo.
En mayo de 1820, con catorce años, salió hacia Francia y se quedó hasta julio de 1821, alojado con la familia de sir Samuel Bentham cerca de Toulouse. Según su diario estudiaba nueve horas diarias. De aquel año salieron tres cosas duraderas: un francés impecable, un interés por la política francesa que ya no le abandonó y la botánica, que practicó como aficionado el resto de su vida. De vuelta en Londres leyó derecho romano con John Austin, fundó en el invierno de 1822 una pequeña «Sociedad Utilitarista» y, a los diecinueve años, editó en cinco volúmenes el «Rationale of Judicial Evidence» de Bentham, reordenando manuscritos, corrigiendo el estilo y añadiendo capítulos propios. El 21 de mayo de 1823 entró como escribiente en la oficina del Examinador de Correspondencia de la India, dentro de la Compañía de las Indias Orientales, a las órdenes directas de su padre y por treinta libras al año. Ese fue su empleo durante treinta y cinco años. Ascendió a auxiliar en 1828, quedó tercero de la oficina cuando James Mill murió en 1836 y en 1856 llegó a Examinador jefe, con dos mil libras anuales y la supervisión de toda la correspondencia con los gobiernos de la India salvo la militar, la naval y la financiera. Dicho sin rodeos: el autor de «On Liberty» redactaba de oficio los despachos con los que Londres administraba un territorio que carecía de gobierno representativo. Cuando el Parlamento liquidó la Compañía en 1858, tras la rebelión del año anterior, fue Mill quien escribió la petición con la que la propia Compañía se opuso a su extinción. Se retiró a finales de ese año con una pensión de mil quinientas libras y rechazó el asiento que le ofrecieron en el nuevo Consejo de la India. Él mismo defendía el empleo con un argumento práctico: a quien no tiene rentas propias, una oficina le da la estabilidad que el periodismo no da, y los libros que forman a los pensadores futuros tardan demasiado en escribirse y en pagarse.
En el otoño de 1826, con veinte años, se le vino abajo el edificio. Lo contó sin adornos: estaba «en un estado apagado de los nervios» y se le ocurrió preguntarse si la realización completa e instantánea de todos sus objetivos le haría feliz. Una irreprimible autoconciencia respondió con claridad que no, y con eso, escribe, cayó el suelo entero sobre el que había construido su vida. La depresión duró meses. Salió por dos vías que su educación no había previsto: unas páginas de las memorias de Marmontel y, sobre todo, la poesía de Wordsworth. La consecuencia intelectual fue permanente: dejó de ser un benthamiano ortodoxo y se propuso combinar la herencia ilustrada con lo que estaba aprendiendo de Coleridge, Carlyle y Goethe, y más tarde de Tocqueville, Comte y los sansimonianos. La física también: en 1836 sufrió un trastorno nervioso que le dejó un tic sobre un ojo para el resto de la vida.
Conoció a Harriet Taylor en 1830, en una cena. Él tenía veinticuatro años; ella, veintidós, y estaba casada con John Taylor, mayorista de drogas y hombre, según el propio Mill, honorable y afectuoso pero sin la conversación que ella necesitaba. Los tres llegaron a un arreglo por el que Mill la visitaba cuando el marido no estaba. La relación duró veinte años, escandalizó a su círculo, le enfrentó con su padre, le costó la ruptura con su madre y sus hermanas y le llevó a retirarse casi por completo de la vida social londinense. John Taylor murió en 1849 y se casaron en abril de 1851. Mill le atribuyó públicamente la coautoría de buena parte de su obra: «On Liberty» se escribió dos veces y luego se repasó entero de nuevo entre los dos, pesando cada frase. Harriet murió en Aviñón en noviembre de 1858, poco más de un mes después de la retirada de Mill de la Compañía, cuando viajaban hacia Montpellier. Él compró una casa junto al cementerio y pasó allí medio año de cada uno de los que le quedaron, con Helen Taylor, hija de Harriet, que sería su colaboradora y después su editora póstuma.
En 1865, unos electores de Westminster le ofrecieron presentarse. Aceptó con condiciones difíciles de imaginar hoy: no haría campaña, no gastaría un penique y no ocultaría ninguna de sus opiniones. Sostenía que cargar el gasto electoral al candidato equivale a venderle el escaño y que, además, deja fuera del Parlamento a quien no puede pagarlo. Pasó casi toda la campaña en su casa de Aviñón. Preguntado en un acto público si era cierto que había escrito que las clases trabajadoras inglesas mentían por costumbre, contestó que sí lo había escrito, y le aplaudieron. En los Comunes defendió la reforma agraria irlandesa y el sistema de Thomas Hare de representación proporcional, y sacó adelante dos causas impopulares: presentó en 1866 una petición por el sufragio femenino y en 1867 una enmienda al Reform Bill para suprimir las palabras que restringían el voto a los varones, que obtuvo 73 votos, más de 80 contando pares y escrutadores. Presidió además el Comité de Jamaica, que intentó llevar a juicio penal al gobernador Edward Eyre por la represión de Morant Bay. Los estudiantes de St Andrews le eligieron rector y allí pronunció su discurso de investidura el 1 de febrero de 1867. Perdió el escaño en 1868, volvió a Aviñón y murió allí el 7 de mayo de 1873; el «Dictionary of National Biography» lo data el día 8. Tres días antes había caminado quince millas en una excursión botánica. Está enterrado junto a Harriet.