La obra europea de Morgenthau es la de un jurista y está escrita en alemán y en francés. Son tres libros y varios artículos: «Die internationale Rechtspflege, ihr Wesen und ihre Grenzen» (Leipzig, 1929), que es su tesis doctoral; «La notion du “politique” et la théorie des différends internationaux» (París, Sirey, 1933); «La réalité des normes, en particulier des normes du droit international» (1934), la habilitación ginebrina que nunca se tradujo al inglés; y la separata madrileña de 1936 «Positivisme mal compris et théorie réaliste du Droit international». El problema que resolvían era técnico y muy concreto: la doctrina dominante del derecho internacional clasificaba los conflictos entre Estados en jurídicos y políticos, y daba por hecho que los primeros eran justiciables y los segundos no. Morgenthau sostuvo que esa doctrina confundía el plano empírico con el normativo, y que lo político no es una materia sino un grado. Un asunto no es político por su contenido, igual que ningún cuerpo es caliente por esencia: es una cuestión de intensidad en la relación entre el asunto y el Estado, y esa intensidad, a diferencia de la temperatura, no tiene termómetro.
De ahí sale, en el mismo libro de 1933, el enfrentamiento con Carl Schmitt, que conviene subrayar porque la clasificación posterior de ambos como pensadores del polo soberanista los ha acabado juntando. Morgenthau dedicó a «Der Begriff des Politischen» un análisis largo y hostil: sostuvo que el par amigo-enemigo no es una categoría fundamental del mismo rango que bien y mal en la moral o bello y feo en la estética, porque en cualquier ámbito, económico, moral o estético, hay amigos y enemigos de la finalidad perseguida; que por tanto ni se deduce de la noción de lo político ni la define; y que la construcción de Schmitt es una metafísica y no una ciencia, un edificio que apenas roza la realidad histórica y psicológica. Es una discrepancia de fondo: donde Schmitt busca una sustancia última de lo político, Morgenthau encuentra una escala de intensidad sin fondo sustancial.
El artículo de Madrid de 1936 anticipa, en lenguaje de teoría del derecho, casi toda la crítica que después haría en América. Su blanco es el positivismo jurídico, tanto el tradicional como el de Kelsen, al que reconoce el rigor metodológico y le reprocha una base neokantiana y un monismo estatista que le impiden llegar a una noción realista de la validez. Contra el hábito de interpretar el Pacto de la Sociedad de Naciones poco más o menos con los métodos del Código civil, y un tratado político como si fuera un contrato de compraventa, reclama que el derecho internacional se lea con su sustrato social a la vista, que es lo político: lo que determina el contenido de las normas, influye en su validez y decide si llegan a aplicarse y cómo. Doce años antes de «Politics Among Nations», el argumento central ya está ahí, formulado contra juristas y no contra diplomáticos.
En Estados Unidos cambió de lengua, de público y de género. «Scientific Man vs. Power Politics» (1946) es un ataque a la confianza de la cultura liberal angloamericana en que la razón aplicada científicamente puede disolver los conflictos políticos. «Politics Among Nations: The Struggle for Power and Peace» (1948) conoció cinco ediciones en vida del autor y se convirtió en el manual con el que se formó una generación entera de universitarios estadounidenses; abre con los seis principios del realismo político, que son a la vez una teoría y un método de gobierno. «In Defense of the National Interest» (1951) llevó la pelea al terreno de la política exterior americana y le puso nombre al adversario: el enfoque legalista-moralista. Después vinieron «The Purpose of American Politics» (1960), los tres volúmenes de «Politics in the Twentieth Century» (1962), «A New Foreign Policy for the United States» (1969), «Truth and Power» (1970), dedicado a Kelsen, y «Science: Servant or Master?» (1972), dedicado a Reinhold Niebuhr. En paralelo escribió durante décadas en «Commentary», «Worldview», «The New Republic» y «The New York Review of Books», y firmó cerca de cien reseñas. A partir de 1960 su trabajo giró hacia el arma nuclear, que le parecía un cambio de naturaleza y no de grado: escribió en «Christianity and Crisis» que jamás se había producido en la historia una transformación cualitativa tan radical de la estructura de las relaciones internacionales. De ahí salieron las dos posiciones de su última etapa, el control supranacional del armamento nuclear y la oposición al papel estadounidense en Vietnam, y de ahí también su intervención, después de 1965, en la discusión sobre la guerra justa en la era nuclear que después desarrollarían Paul Ramsey y Michael Walzer.