Friedrich Ernst Jürgen Habermas nace en Düsseldorf el 18 de junio de 1929 y se cría en Gummersbach, una ciudad pequeña de Renania del Norte-Westfalia donde su padre, Ernst Habermas (1891-1972), dirigía la delegación local de la Cámara de Industria y Comercio de Colonia. Su madre fue Anna Amalie Margarete Köttgen (1894-1983), y su abuelo Friedrich Habermas, teólogo, había dirigido el seminario de maestros de la misma ciudad. Tuvo un hermano mayor, el jurista Hans-Joachim (1925-2019). Es un origen de provincias, de clase media culta y conservadora, con la teología y la cámara de comercio como los dos oficios que tenía delante en casa. Nació con fisura palatina y fue operado siendo lactante; a los cinco años hubo que repetir la intervención. La pronunciación nasal que le quedó le costó burlas en el patio del colegio, y él mismo situó ahí, medio siglo después y en público, el arranque de todo lo que acabó pensando sobre el lenguaje: que uno solo descubre que el habla es un suelo compartido cuando el suelo falla.
El clima político de la casa lo describió más tarde como una adaptación burguesa a un entorno con el que no se identificaba del todo pero que tampoco criticaba en serio. El padre se afilió al NSDAP en 1933 y, de vuelta del cautiverio norteamericano, fue clasificado como «Mitläufer», acompañante. El propio Habermas, como era obligatorio a partir de los diez años, estuvo en el Jungvolk, y desde 1943 como sanitario, enseñando primeros auxilios a otros chicos. En febrero de 1945, con quince años, le tocaba ser llamado a la Wehrmacht como ya lo había sido su hermano; se escondió de la policía militar hasta que los estadounidenses ocuparon la zona. Lo que vino después, los juicios de Núremberg y la cobertura del Holocausto, funcionó como una fractura biográfica que nunca dejó de invocar. En 2006 el episodio del Jungvolk le costó una polémica: Joachim Fest lo describió en su autobiografía póstuma como un mando de las Juventudes Hitlerianas ligado al régimen «en todas las fibras de su existencia»; Habermas lo calificó de denuncia calumniosa y la acusación quedó sin sostén tras el testimonio del historiador Hans-Ulrich Wehler.
Hizo el bachillerato en Gummersbach en la Pascua de 1949 y estudió entre 1949 y 1954 en Gotinga, Zúrich y Bonn: filosofía, historia, psicología, literatura alemana y economía. Se doctoró en febrero de 1954 en Bonn con una tesis sobre la ambivalencia del pensamiento de Schelling, dirigida por Erich Rothacker y Oskar Becker, a los que él mismo señaló como sus mentores principales. De qué vivía en esos años es un dato poco citado y bastante explicativo: del periodismo. Entre 1952 y 1956 escribió más de setenta artículos para el Frankfurter Allgemeine Zeitung, la revista Merkur, los Frankfurter Hefte y el Handelsblatt. De ahí salió su primer acto público, en 1953, con veinticuatro años: un artículo en el FAZ contra Heidegger por reeditar sin una nota ni una enmienda su lección de 1935 sobre la «verdad interna y la grandeza» del movimiento nacionalsocialista. En 1955 se casó con la maestra Ute Wesselhoeft (1930-2025); tuvieron tres hijos: Tilmann, psicoanalista; Rebekka (1959-2023), historiadora en Gotinga; y Judith, editora.
En 1956 entró como ayudante de Theodor W. Adorno en el Instituto de Investigación Social de Fráncfort, y ahí empieza el malentendido que él pasó la vida deshaciendo: estuvo poco tiempo y en mala relación con la casa. Max Horkheimer lo tuvo por marxista peligroso e intentó que lo despidieran, así que en 1959 se marchó a Marburgo, donde se habilitó en 1961 con Wolfgang Abendroth, uno de los pocos catedráticos marxistas de la República Federal. Gadamer lo llevó a Heidelberg (1961-1964) y en 1964 ocupó en Fráncfort la cátedra del propio Horkheimer, con quien acabó reconciliándose, aunque rechazó dirigir el Instituto. Durante la revuelta estudiantil de 1967-68 mantuvo una posición incómoda: había criticado la actuación policial que costó la vida a Benno Ohnesorg, pero reprochó a los estudiantes radicales jugar a la revolución y usó la expresión «fascismo de izquierda», que después admitió desmedida. De 1971 a 1981 codirigió con el físico Carl Friedrich von Weizsäcker el Instituto Max Planck de Starnberg, en Baviera, con quince investigadores a su cargo. Dimitió en 1981, el mismo año en que publicó su obra mayor, tras fracasar su plan de reorientar el centro hacia las ciencias sociales. Volvió a Fráncfort en 1983 y ocupó una cátedra de filosofía hasta jubilarse en 1994.
Vivió en Starnberg desde 1994 y siguió interviniendo en casi todos los debates públicos alemanes durante tres décadas más: la reunificación, que le pareció un trámite administrativo cortado a la medida de imperativos económicos; la restricción del derecho de asilo en 1992, contra la que se manifestó en Berlín; Kosovo en 1999; la eugenesia liberal tras el discurso de Sloterdijk; la religión, en un debate célebre con el cardenal Joseph Ratzinger en la Academia Católica de Baviera el 19 de enero de 2004. Recibió el Premio de la Paz del Comercio Librero Alemán (2001), el Príncipe de Asturias de Ciencias Sociales (2003), el Kioto (2004), el Holberg (2005) y el Kluge (2015). En 2021 aceptó primero y renunció después al Sheikh Zayed Book Award, dotado con 225.000 euros, alegando que no se había hecho cargo de la «muy estrecha vinculación» entre la institución que lo concede en Abu Dabi y el sistema político emiratí. En 2022 y 2023 defendió en la prensa una política contenida ante la guerra de Ucrania, favorable a las entregas de armas pero insistiendo en abrir negociaciones, y en noviembre de 2023 firmó con Nicole Deitelhoff, Rainer Forst y Klaus Günther una declaración sobre Gaza que consideraba «en principio justificada» la respuesta militar israelí dentro de los límites de la proporcionalidad. Murió el 14 de marzo de 2026 en Starnberg, a los 96 años. Fue enterrado el 20 de marzo en el cementerio de Söcking y el 19 de junio se celebró un acto de memoria en la Paulskirche de Fráncfort.