Su obra arrastra dos polémicas que conviene exponer con lo que sostiene cada parte, porque casi todo lo que circula sobre ellas es material de trinchera. La primera arranca en marzo de 2006, cuando publicó con Stephen Walt en la «London Review of Books» el artículo «The Israel Lobby». Su tesis es que el apoyo estadounidense a Israel no se explica ni por interés estratégico ni por imperativo moral, sino por política doméstica. Definen su objeto con cuidado: «We use ‘the Lobby’ as shorthand for the loose coalition of individuals and organisations who actively work to steer US foreign policy in a pro-Israel direction», y en su respuesta a las cartas insistieron en que «the Israel lobby is not a secret, clandestine cabal; on the contrary, it is openly engaged in interest-group politics and there is nothing conspiratorial or illicit about its behaviour». Las réplicas fueron duras y de signo muy distinto. Alan Dershowitz, desde Harvard, escribió que, «in light of the many errors in John Mearsheimer and Stephen Walt’s article, and their admission that ‘none of the evidence’ they give ‘represents original documentation or is derived from independent interviews’, it is fair to ask why these distinguished academics chose to publish a paper that does not meet their usual scholarly standards», y añadía la objeción de que el texto sería aprovechado por sitios extremistas. Los profesores Jeffrey Herf y Andrei Markovits, de las universidades de Maryland y Michigan, abrieron su carta recordando que «accusations of powerful Jews behind the scenes are part of the most dangerous traditions of modern anti-semitism». Y desde el extremo opuesto del espectro, Noam Chomsky discrepó por motivos contrarios: consideró valiente el gesto pero insuficiente el análisis, porque a su juicio subestima el peso de las corporaciones energéticas y del interés estratégico estadounidense, y concluyó que la tesis resulta atractiva porque «it leaves the US government untouched on its high pinnacle of nobility, “Wilsonian idealism,” etc., merely in the grip of an all-powerful force that it cannot escape». El lector que quiera juzgar tiene ahí las posiciones enfrentadas, incluidas las de quienes rechazan la tesis por motivos contrarios entre sí.
La segunda polémica es Ucrania. En marzo de 2014, en el «New York Times», escribió: «The taproot of the current crisis is NATO expansion and Washington’s commitment to move Ukraine out of Moscow’s orbit and integrate it into the West». El argumento se amplió ese mismo año en «Foreign Affairs» bajo el título «Why the Ukraine Crisis Is the West’s Fault». La revista publicó dos respuestas. Michael McFaul, que había sido embajador de Estados Unidos en Rusia entre 2012 y 2014, objetó que la cronología no encaja, porque Rusia no intervino durante los quince años que siguieron a la primera ampliación de la OTAN, y aportó su experiencia directa: dijo no recordar que la ampliación apareciera en las conversaciones entre Obama, Putin y Medviédev a las que asistió. Su conclusión fue tajante: «This crisis is not about Russia, NATO, and realism but about Putin and his unconstrained, erratic adventurism». Stephen Sestanovich añadió que el propio Mearsheimer, en un artículo de 1993, ya preveía un conflicto ruso-ucraniano sin atribuirlo a la política occidental. En su réplica, Mearsheimer precisó algo que suele perderse cuando se resume su posición en un titular: «My essay makes clear that NATO enlargement did not directly cause the crisis, which began in November 2013 and continues to this day. It was EU expansion coupled with the February 22, 2014, coup that ignited the fire». Y reformuló el mecanismo que atribuye a Moscú: «The failure to understand that Russian thinking about NATO enlargement was motivated by fear». Sostiene, por tanto, una tesis causal sobre las consecuencias previsibles de una política, no un juicio sobre la legitimidad de la invasión, distinción que sus partidarios y sus críticos borran con frecuencia y en direcciones opuestas.
De ahí procede la tergiversación más extendida, y es la que conviene tener presente al usar este test: describir la competencia entre grandes potencias no equivale a aprobarla. Su teoría es explicativa, no un programa. Él mismo lo dice sin ambigüedad al escribir sobre política exterior: «I believe liberal democracy is the best political order. It is not perfect, but it beats the competition by a long shot». Su objeción al liberalismo no es doméstica sino exterior: sostiene que es un mal instrumento para conducir la política internacional, no un mal régimen. La misma advertencia está en el memorándum del patio de recreo, cuando aclara que no quería ser el más fuerte del patio por ninguna inclinación a intimidar a nadie, sino porque en un espacio sin autoridad le parecía la única garantía de sobrevivir. Al mismo tiempo, la trayectoria de sus reconocimientos ilustra por qué se le reclama desde lugares tan distintos: «The Great Delusion» recibió en 2019 el premio al mejor libro del año del Valdai Discussion Conference de Moscú, y ese mismo año fue nombrado profesor honorario de la Universidad de Jinan, en Cantón; su currículum recoge también artículos recientes en su boletín personal con títulos como «Genocide in Gaza» (enero de 2024). Es citado a la vez por antiintervencionistas de derecha y de izquierda, por críticos de la OTAN y por partidarios del realismo académico más convencional. Conviene separar las tres capas antes de asignarle una casilla: la teoría estructural, las recomendaciones concretas de política exterior que deduce de ella y los usos políticos que terceros hacen de ambas. Son cosas distintas y solo la primera es propiamente su aportación a la disciplina.